Im Jahre 1240 wurde Tibet durch den mongolischen Khan Güyük Khan erobert und in sein Reich eingegliedert. Köden, der jüngere Bruder Güyük Khans, wurde 1247 zum vorübergehenden Gouverneur der eroberten Tibet-Region ernannt. Mitte des 13. bis Mitte des 14. Jahrhunderts wurden Angehörige der Sakya-Schule des tibetischen Buddhismus von den mongolischen Khans als Vizekönige eingesetzt.[7] Das Gebiet Chinas war zur gleichen Zeit von den Mongolen lediglich besetzt, besondere staatliche Rechte wurden den Chinesen nicht eingeräumt, sodass es seit diesem Zeitpunkt kein souveränes China gab.

Im Jahr 1368 kam es durch Han-Chinesen, angeführt von Zhu Yuanzhang zum Sturz der mongolischen Fremdherrscher und zur Wiederherstellung der Unabhängigkeit und Souveränität Chinas, auf dessen Gebiet sich die bis 1644 herrschende Ming-Dynastie etablierte. Zwar brachen auf tibetischem Gebiet „Nachfolgeunruhen“ aus, aber ein direkter Einfluss der Ming-Herrschaft auf die staatliche Hoheit Tibets, wie ihn die mongolische Yuan-Dynastie anstrebte, ist aus dieser Zeit nicht belegbar. Bekannt ist hingegen eine Maßnahme der Ming-Dynastie, die jedoch nur indirekt mit Tibet zu tun hatte. Sie erließ anfänglich in ihrem Herrschaftsbereich ein Gesetz, das es der eigenen Bevölkerung verbot, die Lehren des Buddhismus aus Tibet zu erlernen.[8]

1578 betrieb der Altan Khan, ein mongolischer Herrscher, Angehöriger der Tümed, die Inthronisation des ersten Dalai Lama. Im Gegenzug erhielt der Mongole auch einen Ehrentitel, sodass der Lama sich nun eines Schutzes vergewissern konnte. Altan Khan war ein mächtiger Feldherr, dessen Truppen 1541–1571 erfolgreich gegen die Ming-Dynastie kämpften. Tibet blieb somit weiterhin in der Einflusssphäre mongolischer Herrscher. Die Han-Chinesen hatten dem nichts entgegenzusetzen. Als Altan Khan 1582 starb, setze sein Sohn Sengge Düüreng die Herrschaft über Tibet noch fort, nach seinem Tod 1586 gab es jedoch keine Nachfolger.

Während der letzten Invasion der Mongolen am Anfang des 17. Jahrhunderts wurde die Regierungsgewalt auf höchste kultisch-religiöse Repräsentanten der jüngsten der vier religiösen Linien, der Gelugpa-Schule, übertragen. Zwei Rivalen der Auseinandersetzungen um die Herrschaft über Tibet während dieser Zeit waren die beiden Mongolen Choghtu Khong Tayiji, ein Angehöriger der Chalcha und Gushri Khan, ein OiratenKhoshuude (auch Qoshote). Letzter wurde 1638 König von Tibet und unterstützte den fünften Dalai Lama Ngawang Lobsang Gyatsho, der 1642 zur obersten Autorität des tibetischen Staatswesens ernannt wurde. Des Weiteren wurde eine Regierung (Ganden Phodrang; tib.: dga‘ ldan pho brang) geschaffen, die von 1642 bis 1959 regierte.[9] Als Könige folgten nach Gushri Khans Tod 1655 bis 1668 Dayan Otschir Khan, 1668 bis 1701 Dalai Khan und 1703 bis 1717, sein Sohn Lhabsang Khan. 1679 wurde Sangye Gyatso von Lhabsang Khan zum tibetischen obersten Regenten, mit dem Titel „Desi des 5. Dalai Lama“, ernannte.

Als Nomaden zogen Mongolenvölker überwiegend in warmen Jahreszeiten in Zentralasien umher und waren somit auch in Tibet nicht ständig präsent. Durch sie erfolgte deshalb neben dem Dalai Lama ebenso eine Ernennung eines einheimischen administrativen Regenten, der den Titel Desi (tib.: sde srid) trug und so de facto in Tibet ständig die vollziehende Staatsgewalt ausübte.

Im ausgehenden 17. Jahrhundert bahnte sich im benachbarten China wiederum eine Fremdherrschaft an. Diesmal jedoch nicht von den Mongolen. In Ostasien erstarkten die Herrscher eines tungusischen Volkes, die von den Jurchen abstammenden Mandschu. Sie brachten bereits 1644 die Ming-Dynastie der Han-Chinesen in Peking zu Fall. Die Herrschaft über ganz China erlangten sie jedoch erst 1662, da die Han noch in Südchina mit einigen Gegenkaisern regieren konnten. Die Mandschu errichteten die Qing-Dynastie (mandschurisch daicing gurun). Für Tibet hatte dies zunächst keine Bedeutung. Die Machtausübung des ersten mandschurischen Regenten Dorgon, des Onkels des noch minderjährigen ersten Mandschu-Kaisers in Peking Shunzhi, richtete sich vornehmlich nach innen zur Festigung der Macht der Mandschu in China. Der Nachfolge-Kaiser Kangxi begann eine Politik nach außen. Dabei besetzte er 1701 die tibetisch-chinesische Grenz- und Handelsstadt Lucheng in Dartsedo (Kangding). Eine Besetzung Tibets erfolgte jedoch nicht und Tibet blieb eine Region im mongolischen Einflussbereich.

Bis Anfang des 18. Jahrhunderts blieb Tibet zwar eine Region im mongolischen Einflussbereich, aber mit einem entwickelten etablierten eigenen Staatswesen.