1717 besetzte Tsewangrabtans Armee Lhasa und tötete Lhabsang Khan. Diese Schwäche der Mongolen nutzte der mandschurische Kaiser Kangxi und marschierte 1720 nach Lhasa. Der Kaiser setzte den 7. Dalai Lama ins Amt und erklärte das Gebiet Tibets zum Protektorat. Zu dieser Zeit war auch eine Garnison kaiserlicher Soldaten der Qing-Dynastie in Lhasa stationiert. Nach dem Tod des Kaisers zogen die Mandschu 1723 jedoch ihre Truppen wieder ab.

1727 richtete der neue Mandschu-Kaiser Yongzheng das Amt eines Amban in Tibet ein, der die Regierung in Lhasa kontrollierte. Damit begann in Tibet zwar eine Zeit eines direkten Einflusses mandschurischer Kaiser auf die tibetische Regierung, doch deren Existenz wurde nicht in Frage gestellt. Die Mandschu-Dynastie erwirkte jedoch das Recht, durch Ambane, die seit 1727 als kaiserliche Gesandte an den Hof des Dalai Lama, den Potala-Palast, entsandt waren, in langsam steigendem Maße an der tibetischen Politik mitzuwirken. Auch auf das Findungsritual eines neuen Dalai Lama nahmen sie Einfluss. Letztlich änderte das aber nichts am Bestehen eines von den wechselnden Herrschern in Peking akzeptierten tibetischen Staates und seiner Machtbefugnisse. Nachdem Mandschu-Kräfte wegen eines innertibetischen Bürgerkriegs kurzzeitig einrückten und nach der Befriedung wieder abrückten, belief sich 1733 die mandschurische Truppenstärke in Tibet auf 500. Phola Tedji regierte zwischen 1728 und 1747 Tibet und erhielt als Herrscher Tibets vom Mandschu-Kaiser Qianlong einen königsartigen Titel verliehen. Er schuf eine eigene tibetische Armee mit 25000 Soldaten. Phola Tedjis Sohn Gyurme Namgyel löste 1747 seinen Vater nach dessen Tod im Amt ab.

Ab 1751 übernahm mit Zustimmung der Mandschu der Dalai Lama neben dem religiösen Amt auch wieder die politische Herrschaft. So regierte von 1751 bis 1756 der 7. Dalai Lama Kelsang Gyatsho in Lhasa. Mit dieser Erweiterung der Machtbefugnisse eines Dalai Lama endete faktisch das mandschurische Protektorat als Herrschaftsform in Tibet und es begann das Konstrukt einer Suzeränität, das über 160 Jahre lang bestand und Vorteile für beide Staaten bot, aber nichts am tibetischen Herrschaftssystem und seinem Staatswesen änderte. Für die Mandschu-Herrscher hatte die Suzeränität über Tibet einen Vorteil: Durch sie reklamierte China auch weiterhin die Reichweite seiner Schutzansprüche bis zum Gebirgskamm des Himalaja. Vornehmlich an äußere Feinde gerichtet besagte sie somit, ab wann mandschurisches Schutzgebiet betreten und ein Krieg mit Peking provoziert würde, auf den sich keiner der kleineren umgebenden Staaten hätte einlassen wollen. Für das selbst weniger wehrhafte Tibet und seine Bevölkerung garantierte die Suzeränität der Mandschu wiederum den Schutz gegen äußere Feinde und damit den äußeren Frieden. Aufgrund dieser Konstellation wurde in den alten Atlanten Tibet bisweilen als Teil Chinas dargestellt.[10]

Einen Einfluss der Mandschu gab es seit der Einrichtung der Suzeränität nur in den östlichen Randlagen Tibets zur chinesischen Tiefebene. Dies sind die Gebiete mit einem größeren Bevölkerungsanteil von Han-Chinesen. Darüber hinaus hatte kaum ein Chinese aus dem Flachland die Motivation, die unerschlossenen oder nur dünn besiedelten Gebiete Tibets mehrere hundert Kilometer zu durchqueren. Jede Reise in Tibet war beschwerlich und ohne ortskundige Begleitung nicht zu schaffen. Es gab in Tibet zudem fast nichts, mit dem die Han-Chinesen Handel hätten treiben können und was eine derart aufwendige Reise gerechtfertigt hätte. Das galt bis ins 20. Jahrhundert.

Im Jahre 1774 nahm der britische Beamte George Bogle der East India Company bei einer Reise durch Bhutan nach Tibet Kontakt zu Regierungsstellen in Tibet auf. Die Gesellschaft wollte die Mittlerrolle Bhutans beim Handel mit Tibet ausschalten. Er traf in Shigatse den Panchen Lama. Von diesem Kontakt erhoffte sich Bogle auch, den chinesischen Einfluss im Handel mit Tibet umgehen zu können; er erzielte bei seinem monatelangen Aufenthalt jedoch keinen wesentlichen Fortschritt.

Im 19. Jahrhundert lebten die Menschen in einem feudalen System unter den Lamas. Die großen Klöster besaßen den Hauptanteil des Landes, monopolisierten das Bildungssystem sowie die meisten wirtschaftlichen Aktivitäten und zogen Abgaben ein. Handel mit dem Ausland gab es nicht, abgesehen von den Ausnahmen Indien, Turkmenistan und China.

Der Dalai Lama wurde als das Oberhaupt angesehen, aber sein Einfluss schwankte mit seinen persönlichen Fähigkeiten. Sein Machtbereich reichte insbesondere zur Zeit des 5. Dalai Lamas bis weit nach Osttibet hinein (insbesondere Kham), umfasste jedoch nie mehr den gesamten tibetisch besiedelten Raum wie zur Zeit der Yarlung-Dynastie. Vor allem Amdo unterstand keiner Lhasa-Regierung eines Dalai Lamas, auch wenn der Gelugpa-Orden dort manches mächtige Klosterzentrum errichten konnte. Durch das Tulku-System der Reinkarnation gab es lange Phasen, in denen der Dalai Lama zu jung war, um sein Amt auszuführen. In dieser Zeit wurde neben einem System von Regenten der Panchen Lama als effektive Führung des Landes angesehen.